Seit der Aufnahme des Studienbetriebs an der Universität Osnabrück im Sommersemester 1974 werden der Diplomstudiengang Mathematik und die Lehramtsstudiengänge im Fach Mathematik angeboten. Waren zunächst Professoren für die verschiedenen Teilgebiete der Mathematik sowie der Didaktik der Mathematik vertreten, so kam zum Wintersemester 1977/78 das Fachgebiet Informatik hinzu. Ein eigenständiger Fachbereich wurde mit der Neugliederung der Fachbereiche an der Universität 1980 formell eingerichtet und nahm zum Sommersemester 1981 seine Arbeit auf. Seit dem Wintersemester 1985/86 führt er den Namen Mathematik/Informatik.

1989 wurde das Fächerspektrum am Fachbereich Mathematik/Informatik um das Fachgebiet Angewandte Systemwissenschaft erweitert. Studierende können hier einen Diplom- oder Erweiterungsstudiengang belegen. Diese Studiengänge ermöglichen eine fächerübergreifende Ausbildung, die die Disziplinen Mathematik, Informatik sowie als Anwendungsfächer Physik, Chemie, Biologie, Geographie, Volks- und Betriebswirtschaftslehre,  Sozialwissenschaften und Psychologie verbindet. Das Forschungszentrum für Geoinformatik und Fernerkundung gehört seit 2004 zum Fachbereich.

Im August 2004 gründet sich aus dem Fachbereich Mathematik/Informatik das Institut für Mathematik.

Der Fachbereich gliedert sich in die Institute

• Geoinformatik

• Informatik

• Kognitive Mathematik

• Mathematik

• Umweltsystemforschung